实施绩效工资是事业单位管理体制改革的重要内容，而事业单位管理体制改革的目标就是转变政府职能，建立新型的公共事业管理体制，即建立一个在政府宏观调控和监管下，包括政府在内的多元投资主体、多元主体承担服务，以科教文卫体等领域的公共服务社会化、市场化为基本运作方式，中央与地方相结合、集中管理与分散管理相结合的管理系统。所以说，我国事业单位管理体制改革的基本取向就是事业单位的社会化以及运行的法制化和民主化，其基本原则是政事分开。
　　
    绩效必须最大程度地凸显其社会公益性。事业单位推行绩效工资是整个事业单位改革的重要一环。对于不同类型、不同领域、不同收入来源的事业单位，绩效工资改革绝不能是一种模式，应在分级分类管理基础上，对事业单位的“绩效”进行科学界定，一方面，其绩效必须最大程度地凸显其社会公益性，并抑制、克服其可能潜在的自利性和营利性；另一方面，绩效还必须同时依循各自具体行业的内在要求，凸显其独特的公益价值。
　　
    要做好实施绩效工资的基础性工作。当制度设计本身没有大问题时，关键是解决实施的过程遇到的技术性问题。为此，首先要进行岗位目标定位和岗位责任制。必须实现事业单位用人制度由“身份管理”向“岗位管理”转变，建立起与岗位职责、实际贡献紧密联系和鼓励创新、创造的分配激励机制。其次是要科学界定相近岗位的关键绩效指标，做到繁简适度，抓住核心，操作便利。实行绩效考核在重视效率的同时，如何着重关注提高服务质量的综合考核，处理好公平与效率等问题，也是能否成功的关键。再次是建立科学合理的绩效考核、考评制度和机制。缺乏激励机制和监督约束机制，正是目前事业单位收入分配混乱的症结。针对服务质量和效果难以量化和操作难度大的问题，绩效工资的考核、考评制度和机制如何细化、如何落实值得关注。
　　
    要处理好个人绩效与团队绩效的关系。事业单位绩效工资的基本特征是薪酬收入既与个人业绩挂钩，又和团队及组织绩效相关。在保证做到事业单位所有人员都要实行绩效工资的前提下，防止单位内部领导独断的绩效考核，防止导致管理层与一线人员之间新的分配不公，扭曲绩效工资改革的政策效果。在制定绩效工资体系时，如有可能要让尽可能多的群体代表参与。要解决好仅关心个人绩效而忽视组织整体绩效提高的倾向。
　　
    还要处理好公共服务与提高效益的关系。事业单位绩效工资改革，局内人关注的是自身利益的得失损益，局外人关注的则是公共利益的增益。应该立足于事业单位公共服务特性，加大考核权重，避免把“教书育人”最后考核成中学狠抓升学率，大学只看论文、课题数量；把“治病救人”考核成了开“大处方”、“大检查”。为使事业单位不再重蹈自我谋利、自我膨胀的旧路，必须处理好真正为社会提供高质量的公共服务与发挥绩效工资激励作用的关系。
　　
    在重视绩效工资在事业单位的正面作用的同时，又要关注绩效工资可能产生的负面效应，防止出现对绩优者的奖励有方，对绩劣者的约束欠缺现象，防止激励力度造成一些制造虚假业绩的行为。事业单位绩效工资改革要关注改革效能，为了降低改革成本和阻力，要注意不同类别事业单位改革的差异性，为下一步事业单位分类改革预留空间和接口；注意不同的资金来源渠道差异可能产生的制度化不公平和地区间绩效工资的差异；注意事业单位内部不同身份人员和不同部门之间绩效工资水平关系，尤其是关注退休人员和接近退休人员的权益。